为保证畜禽养殖的健康发展，除了做好选种育种、科学的饲养管理及合理的免疫防治工作，近几年，消毒也成了养殖过程中高度重视的环节。虽然消毒环节得到了养殖业的高度重视，但是经笔者调查了解，大多数养殖场对消毒剂的选择及使用还存在一定误区。不规范的使用消毒剂不仅起不到杀灭病原微生物的作用，甚至会对畜禽机体造成一定伤害，严重时，导致动物传染病的发生，造成一定的经济损失，影响畜禽业的健康发展。消毒是指利用物理或化学方法抑制病原微生物繁殖。合理的做好消毒防护工作，不仅能有效的防止传染病的发生与流行，最为主要的，也是最为根本的就是确保畜禽养殖业可持续健康发展，保障动物卫生安全，提高经济效益，关爱人类健康。
畜禽养殖中，消毒剂的种类也有很多，同一种消毒剂，又有很多商品名称。养殖户在购买消毒剂时要认清其“通用名称”或主要化学成分。
通常在选择消毒剂时，要考虑多方面因素
2.1消毒对象 首先我们要确定消毒的对象是动物还是器具或者是空气环境等。不同的消毒对象，选取不同的消毒剂，比如有些消毒剂虽然有很强的杀灭病原微生物的能力，但腐蚀性极强，不能用于带畜消毒；有些刺激性小的消毒剂又不适合空气熏蒸消毒。因此，消毒前首先要明确消毒对象，再考虑消毒剂种类。
2.2消毒方式 消毒对象确定好后，再考虑选取消毒的方式，常见消毒方式有喷洒，浸泡，喷雾，冲洗，熏蒸等。不同的消毒方式针对的消毒对象也有所不同。比如，喷洒、喷雾多用于圈舍、场地、墙面的消毒；浸泡多用于器具、衣物等物品的消毒；熏蒸多用于密闭环境的消毒等。
总之，消毒剂在选用时，除了考虑其对各种病原体的杀灭作用和杀灭能力外，消毒剂的性质稳定性、环境适应性、水溶性、渗透性、腐蚀性、刺激性、环保性也应考虑周全后再定夺。
消毒前，建议彻底清扫污物，如畜禽排泄物、分泌物、体表脱落物、饲料残渣、以及其他有机物等污物。彻底的清洁是有效消毒的前提。
常规消毒程序是：污物的彻底清扫-畜禽舍清扫-高压水枪冲洗（从屋顶、墙壁、门窗至地面）-干燥-喷雾消毒（喷雾器喷头高举空中，喷嘴向上喷出雾粒。雾粒直径大小应控制在80~120μm，喷雾药物用量在5~25mL/m3）/-干燥-必要时甲醛熏蒸畜禽舍-密闭2天-通风-进畜禽，整个消毒过程控制在7~15天才可认为消毒程序完成。
